本會成立於卅五年九月十日，名稱[高雄縣商會]，當時理監事任期為二年。迨民國六十一年七月廿六日總統令公佈商業團體法後，名稱更名為【高雄縣商業會】，理監事任期改為三年，屆別不動。歷任理事長為第一～四屆理事長朱漢耀先生、第五～六屆理事長吳添丁先生、第七屆理事長翁銀橋先生、第八屆理事長吳尚卿先生、第九屆理事長余明得先生、第十屆理事長楊金海先生、第十屆理事長（補選）翁剛雄先生、第十一～十二屆理事長余明得先生，至民國71年11月4日，吳崑山先生當選為第13屆理事長，因本會經費拮据，經應屆理監事的支持與贊助，上任後裝修會館。而至民國75年3月26日吳崑山先生再獲蟬聯第14屆，始取得會館產權。

民國78年6月27日，本會辦理第15屆理監事選舉，由蔡重雄理事長接任，著力策劃籌建擁有現址之〔高雄商業大樓〕，在肩負重大責任下，蔡重雄先生蟬聯第16屆理事長職務，在全體理監事顧問配合與支持，終於招商興建完成美侖美煥之七層辦公大樓，奠定本會今後宏偉之基業。本會在發揮組織功能下，於民國85年1月27日辦理第17屆理監事改選，各基層商界人士，均相互爭取服務機會，經由簡春肇先生出線擔任，並連任第18屆理事長。又於民國91年間蔡重雄理事長在會員代表們之支持下再度榮任第19屆理事長。並於94年7月再度蟬聯第20屆理事長。97年9月30日在各基層團體支持下由侯正仁先生當選第21屆理事長，民國99年12月高雄縣市大合併，100年12月30日侯理事長不再競選連任，由吳明陽先生榮任第22屆理事長，吳理事長就任後即開始策晝如何服務會員，首先提高各公會的補助經費，最高為20,000元最低為3,000元，為使會員暸解商會的運作，聘請專業人員出版雙月刊將商會訊息公佈給會員知悉，103年12月10日召開第23大會，三年辛勞終獲回報，吳理事長高票榮獲連任，104年1月立法院通過「商業團體法」修改，合併後之直轄市容許二個商業團體存在，為此本會於104年10月30日召開第23屆第2次會員代表大會通過將本會名稱更名為「高雄市直轄市商業會」，因當屆(第23屆)理監事任期未滿故屆別不動。按內政部「商業團體法」規定，直轄市理事名額可多置33席，監事11席，故本會於106年8月23日召開第23屆第10次理監事聯席會議，通過修正章程草案，從第1屆起調增理事名額為33席，監事11席，並經106年12月26日召開會員代表大會，選舉出改制後第1屆理監事；本會吳明陽理事長任內推動革新對會員照顧不遺餘力，終獲得全體會員肯定，高票當選第1屆理事長，眾望所歸。為順應潮流與國際接軌，厚植商會全球行銷競爭力，於107年5月29日召開第1屆第2次會員代表大會更名為「高雄市新商業會」屆別不動。109年12月17日吳理事長在9年任期內，奠定優良的基礎，不再競選連任，由本會監事會召集人劉正光轉換跑道，當選改制後第2屆理事長，於112年12月21日理監事選舉再次以最高票蟬聯第3屆理事長，持續為商業會開創新局。

本會現有團體會員共計79個單位，公司行號會員約計1900餘家，由團體會員及公司行號會員推選之會員代表共計530名合組召開會員代表大會。